​궤양성 대장염은 대체로 약물에 의해 충분히 조절 가능합니다. 그러나 약물을 최대한 투여함에도 불구하고 증상 호전이 안 되거나, 대장 천공 또는 폐색, 거대결장 등의 합병증이 발생한 경우 수술을 고려하게 됩니다. 또한 대장암으로의 발전 가능성이 높다고 판단되는 경우에도 예방적으로 대장 절제를 시행할 수 있습니다.

증상이 호전되면 누구나 약물을 중단하고 싶어 합니다. 그러나 증상이 호전되어 정상적인 생활을 하고 있더라도 약물은 최소한의 양을 지속적으로 투약하면서 정상 상태를 유지하는 것이 필요합니다. 약물을 자의로 중단하게 되면 재발에 의한 급성 악화의 가능성이 높아지므로 약물은 지속적으로 유지하는 것이 바람직합니다.

염증성 장질환의 근본적인 염증을 악화시키는 음식은 없다고 하더라도, 증상을 악화시키는 음식은 있을 수 있습니다. 일반적으로 음식을 소량씩 자주 먹고 설사를 유발 할 수 있는 기름진 음식이나 튀긴 음식의 섭취량을 줄이는 것이 좋습니다. 카페인은 설사를 유발할 수 있으므로, 설사가 심한 경우에는 카페인을 피하는 것이 좋겠습니다. 너무 짜거나 매운 음식은 좋지 않습니다. 젖당 불내증이 있는 환자는 유제품 섭취량을 제한하는 것이 도움이 되겠습니다. 장이 좁아진 경우 견과류, 씨 및 생채소와 같은 특정 고섬유질 음식의 섭취를 제한하면 증상을 완화시킬 수 있다고 합니다.
 

술이나 커피는 장 기능에 영향을 미칠 수 있으므로 주의가 필요합니다. 증상이 심한 활동 기에는 삼가는 것이 좋지만, 증상이 거의 없는 관해기라면 한두 잔의 술이나 커피는 괜찮습니다. 한 달에 2~3번 적당량의 술을 마시는 정도로는 대개 증상이 악화되지는 않습니다. 단 술을 억지로 권한다면 질환에 대해 이야기를 하고 양해를 구하는 것이 좋고, 관해기라도 과음은 피해야 합니다.

 궤양성 대장염은 특이하게도 담배를 피우는 사람에게 덜 발생하고, 담배를 피우던 환자가 담배를 끊으면 증상이 나빠지는 경우가 있습니다. 그렇다고 담배를 피우라고 권하는 것은 아닙니다. 건강한 사람이 담배를 피우다가 끊으면 2~5년 후부터 궤양성 대장염에 걸릴 위험성이 오히려 증가한다는 연구 결과가 있으며, 담배는 폐암, 췌장암등 여러 질병을 일으킬 수 있습니다. 반면, 크론병은 담배를 피우는 사람이 더 잘 걸리고, 그렇지 않은 환자에 비해 병이 악화되어 수술을 받게 될 확률이 더 높고 예후도 나쁩니다. 따라서 크론병 환자는 반드시 금연해야 합니다. 

먼저, 재발에 영향을 줄 수 있는 요인에 주의해야 합니다. 감염성 장염이나 감기 등에 의해 증상이 악화되는 경우가 종종 있으므로 비위생적인 음식은 피하고, 감기에 걸리지 않도록 조심해야 하겠습니다. 그리고 스트레스를 적극적으로 관리해야 합니다. 스트레스는 증상 악화의 일반적인 원인이기 입니다. 지나치게 스트레스에 집중하면 불안감이 커지고, 이로 인해 증상이 악화되고 더 심한 스트레스가 발생할 수 있기 때문입니다.
또한, 질환에 대해 습득한 지식은 의사와 상담한 후 실행해야 합니다. 질환에 대한 정확한 지식을 습득해서 이를 토대로 나쁜 것은 피하고 좋은 것은 찾아서 행하는 자세는 바람직합니다만 인터넷 등을 통해 얻은 내용들은 잘못된 정보일 수 있으므로 실행 전에 반드시 의사와 상담이 필요하겠습니다. 마지막으로 음식/증상 일지를 쓰는 것입니다. 하루에 평균 대변 횟수, 대변 굳기와 색깔, 피나 고름이 나오는지, 배가 아프면 어느 부위가 얼마나 아픈지, 발열이나 체중 변화 등에 대해서 자세히 관찰하고 이에 대해 주치의와 의논하는 것이 치료에 도움이 되겠습니다.

내시경 검사는 염증성 장질환을 진단하는데 있어 가장 정확한 검사로, 내시경을 통해 직접 눈으로 장 점막의 염증 정도나 범위, 궤양의 형태나 위치를 확인할 수 있습니다. 좀 더 정확한 진단을 위해 검사 중 조직검사도 할 수 있으므로, 염증성 장질환 여부를 가장 정확하게 알 수 있는 검사입니다. 내시경 검사도 종류가 다양한데, 궤양성 대장염은 대장에만 염증이 생기기 때문에 대장내시경만 받으면 됩니다. 하지만 크론병은 소화관 전체에 증상이 나타날 수 있으므로, 대장내시경  뿐 아니라, 위내시경이나 소장내시경이 필요할 수 있습니다. 과거에는 소장의 병변을 확인하기 위해 소장 조영술이 많이 쓰였지만 최근 캡슐내시경이나 소장내시경이 개발되어 사용되고 있습니다. 그 외에도 CT나 MRI로도 소장의 상태를 확인할 수 있는데, 소장 벽의 두께를 통해 염증의 정도를 파악할 수 있고, 누공이나 농양 같은 합병증도 알아낼 수 있습니다.
염증성 장질환은 만성 질환이지만 때로는 증상이 거의 없고 안정된 상태를 유지하는 관해기가 오랫동안 계속 될 수도 있습니다. 그러나 이런 경우에도 정기적인 진찰이 매우 중요합니다. 약을 복용하지 않아도, 증상이 없는 경우라 할지라도 최소한 1년에 2-4회 주치의에게 진찰 받는 것이 좋으며 약을 복용하고 있는 경우에는 1-2개월 마다 병원을 방문해야 합니다. 진찰과 더불어 혈액검사로 염증 반응의 정도를 평가하고 영양 결핍이 있는지 알아보는 것이 좋습니다.
활동성 염증이 다시 나타난 경우에는 상황이 아주 다릅니다. 이런 경우에는 상황에 따라 처방이 달라질 수 있으므로 자주 병원을 방문하여야 하고 염증 부위가 처음 진단할 때와 다르거나 합병증이 동반되는 경우가 흔하므로 소장과 대장을 다시 검사하는 것이 바람직합니다. 궤양성 대장염이 전체 대장을 침범한 예에서는 대장암이 잘 발생하므로 병을 앓기 시작하고 10년이 넘은 환자는 매년 대장내시경 검사를 받는 것이 권장되고 있습니다.​

염증성 장질환에 걸렸다고 해서 모두 대장암에 걸리는 것은 아니므로 지나치게 걱정하실 필요는 없습니다. 특히 직장에만 국한된 궤양성 직장염 환자와 일반인이 대장암에 걸릴 위험성은 큰 차이가 없습니다. 궤양성 대장염 환자에서 암이 발생할 위험성은 대장염이 있는 부위가 넓을수록, 그리고 병에 걸린 기간이 오래될수록 높으므로, 오랫동안 대장 전체를 침범하는 궤양성 대장염을 앓은 환자는 그렇지 않은 사람에 비하여 대장 및 직장암의 위험성이 높습니다. 크론병의 경우, 궤양성 대장염 환자에 비해 대장암 발생의 위험도가 낮지만 건강한 사람에 비해서는 높으며, 소장을 침범한 크론병의 경우는 소장암 발생의 위험이 정상인보다는 높다고 알려져 있습니다.

궤양성 대장염과 크론병 환자가 임신할 계획이면 자신의 건강 상태를 잘 알고 있어야 합니다. 최근 연구에 의하면 관해기(약물치료로 증상이 좋아진 상태를 유지하는 기간)에 임신을 한 경우에는 임신 기간 동안 큰 문제없이 잘 지내고 정상인과 임신 결과에 차이가 없다는 것이 확인되었습니다. 하지만 활동 기에 임신을 하게 되면, 계속 활동 상태가 유지되거나 오히려 악화될 수 있습니다. 특히 활동기 크론병 여성 환자가 임신했을 때는, 자연 유산 또는 조산, 태아의 저체중, 제왕절개율 증가 등 임신 합병증의 위험성이 2~3배 높아지며, 심한 경우 태아뿐만 아니라 산모도 위험해질 수 있습니다. 궤양성 대장염 환자가 임신하면 임신 초기에 악화되는 경우가 많으며, 크론병 환자에서는 임신 후기에 악화하는 경우가 많습니다. 관해가 유지되는 경우에는 산모가 건강하게 출산에 이를 수 있다는 것이 전문가들의 공통된 의견입니다. 또한 궤양성 대장염 환자라고 해서 굳이 제왕절개술을 받을 필요는 없습니다. 크론병 환자의 경우 치루나 치열 등 항문 주위 병변이 있으면 자연분만으로 증상이 악화될 수 있으므로 제왕절개술을 권유하지만 항문 주위 병변이 없거나, 있더라도 비활동성이라면 자연분만을 위해 회음절개술을 받는다고 해서 항문 주위 병변이 새롭게 발생하거나 재발할 확률은 매우 낮습니다. 

대장용종(폴립)은 대장 점막에서 관강 안쪽으로 튀어 나온 혹 같은 종양으로 다양한 크기와 모양, 조직학적 차이를 보일 수 있습니다. 대부분은 대장 점막에 국한되어 있고, 흔히 물사마귀 같은 것으로서 생각하면 환자가 이해하기가 좋습니다.　2cm 크기 이내는 대부분 외과적 수술을 하지 않고, 대장내시경을 이용한 용종절제술(폴리펙토미) 만으로 절제가 가능합니다. 출혈이나 천공과 같은 합병증 발생 위험성은 0.3-1% 정도이며, 일반적으로 크기가 큰 용종의 경우 합병증 발생율이 높아지므로 필요 시 입원치료를 할 수 있습니다. 치료 후 약 1-2주 정도 회복기에는 운동이나 음주, 흡연, 자극적인 음식은 피해야 합니다.